New insights on the mechanism of quinoline-based DNA methyltransferase inhibitors

Among the epigenetic marks, DNA methylation is one of the most studied. It is highly deregulated in numerous diseases, including cancer. Indeed, it has been shown that hypermethylation of tumor suppressor genes promoters is a common feature of cancer cells. Because DNA methylation is reversible, the DNA methyltransferases (DNMTs), responsible for this epigenetic mark, are considered promising therapeutic targets. Several molecules have been identified as DNMT inhibitors and, among the non-nucleoside inhibitors, 4-aminoquinoline-based inhibitors, such as SGI-1027 and its analogs, showed potent inhibitory activity. Here we characterized the in vitro mechanism of action of SGI-1027 and two analogs. Enzymatic competition studies with the DNA substrate and the methyl donor cofactor, S-adenosyl-L-methionine (AdoMet), displayed AdoMet non-competitive and DNA competitive behavior. In addition, deviations from the Michaelis-Menten model in DNA competition experiments suggested an interaction with DNA. Thus their ability to interact with DNA was established; although SGI-1027 was a weak DNA ligand, analog 5, the most potent inhibitor, strongly interacted with DNA. Finally, as 5 interacted with DNMT only when the DNA duplex was present, we hypothesize that this class of chemical compounds inhibit DNMTs by interacting with the DNA substrate

Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase

Background: Although bivalves are among the most-studied marine organisms because of their ecological role and economic importance, very little information is available on the genome sequences of oyster species. This report documents three large-scale cDNA sequencing projects for the Pacific oyster Crassostrea gigas initiated to provide a large number of expressed sequence tags that were subsequently compiled in a publicly accessible database. This resource allowed for the identification of a large number of transcripts and provides valuable information for ongoing investigations of tissue-specific and stimulus-dependant gene expression patterns. These data are crucial for constructing comprehensive DNA microarrays, identifying single nucleotide polymorphisms and microsatellites in coding regions, and for identifying genes when the entire genome sequence of C. gigas becomes available. Description: In the present paper, we report the production of 40,845 high-quality ESTs that identify 29,745 unique transcribed sequences consisting of 7,940 contigs and 21,805 singletons. All of these new sequences, together with existing public sequence data, have been compiled into a publicly-available Website http://public-contigbrowser.sigenae.org:9090/Crassostrea_gigas/index.htm l. Approximately 43% of the unique ESTs had significant matches against the SwissProt database and 27% were annotated using Gene Ontology terms. In addition, we identified a total of 208 in silico microsatellites from the ESTs, with 173 having sufficient flanking sequence for primer design. We also identified a total of 7,530 putative in silico, single-nucleotide polymorphisms using existing and newly-generated EST resources for the Pacific oyster. Conclusion: A publicly-available database has been populated with 29,745 unique sequences for the Pacific oyster Crassostrea gigas. The database provides many tools to search cleaned and assembled ESTs. The user may input and submit several filters, such as protein or nucleotide hits, to select and download relevant elements. This database constitutes one of the most developed genomic resources accessible among Lophotrochozoans, an orphan clade of bilateral animals. These data will accelerate the development of both genomics and genetics in a commercially-important species with the highest annual, commercial production of any aquatic organism

ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015

Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits de vie. En complément du fonctionnement des réseaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de déploiement et de suivi bimensuel d’huîtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes Oléron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, Rivière de Pénerf). Plus précisément, ECOSCOPA a suivi les paramètres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huîtres sentinelles(identiques à celles utilisées par le réseau RESCO II) correspondant à 3 classes d’âge d’huîtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont été déployées et suivies de manière synchrone sur l’ensemble des sites, selon le même calendrier que celui établie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont été obtenus grâce à des enregistrements en haute fréquence de la température, de la pression et de la salinité, réalisés sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps réel de ces paramètres sur un serveur dédié. La totalité des sites ateliers équipés avec ce type de sondes, en complément des sondes de type STPS prévues par le réseau RESCO II, apermis d'assurer une prise de données sans discontinuité pendant les opérations d'entretien.Les données sur les populations phytoplanctoniques ont été acquises grâce aux points de suivi du réseau REPHY là où ces points existent. Des prélèvements additionnels ont été réalisés dans le cas contraire via des partenaires extérieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont été acquis dans cette étude afin de qualifier le statut physiologique de l’huître en lien avec les variations de l’environnement. Plus précisément, une étude spécifique permettant d’approfondir les résultats acquis dans le cadre de l’expérimentation PHYSITU en 2014, a été réalisée. En effet, dans cette étude, des mesures d’expression de gènes impliqués dans la réponse des naissains aux mortalités ont été réalisées afin de qualifier l’évolution du statut physiologique de l’huître avant, pendant, et après les mortalités. Cette action a permis, entre autre, d’identifier 4 gènes d’intérêt, dont l’expression varie significativement selon les périodes avant et après mortalité. L’action ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette étude afin de tester l’intérêt de ces marqueurs en tant qu’indicateur précoce de la réponse de l’huître face aux agents pathogènes, et de valider si ces marqueurs pourraient être utilisés à plus large échelle pour la surveillance de la qualité des écosystèmes côtiers

RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Campagne 2013

The French network RESCO was developed in 2009, following the widespread mortalities in French oysters stocks of Crassostrea gigas that killed a majority of young cultivated oysters in summer 2008. The main objective of this network was to develop a tool of estimation of the mortalities at national scale, through a standardized monitoring of sentinel oysters In 2013, similar batches of spat and 18 month old oysters from different origins were deployed in thirteen sites located all along the French coasts to measure the spatial and temporal evolution of the mortality and growth rates. At the same time, the program provides a high-frequency recording of environmental parameters and the detection of the main infectious agents associated to the oyster mortality. As in previous years, mortality peaks were firstly detected in the south sites with a small delay compare to 2012 due to a relatively cold spring. No general trend was observed in the evolution of summer mortality rates and significant differences of mortality patterns or intensity were measured between sites and batches. The mean cumulative mortality rate of 18 month old oysters was close to the value measured in 2012 (13%) while the mean cumulative growth rate was relatively low and tended to decrease since 2011. The cumulative mortality rate of spat ranged from 59 to 84 % which was significantly higher than the mean value calculated for the ten past years (42%). To the contrary, the spat cumulative growth rate was the lowest recorded since 2004. Significant differences in the Herpes virus (OsHV-1) concentrations were also measured between sites and batches but the final value of the cumulative mortality rate seemed to be positively correlated with the concentration of this infectious agent. Vibrio aestuarianus bacteria were sporadically detected in a few batches for either spat or 18 month old oyster without any correlation with the Herpes virus concentration.Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de mortalité et de croissance, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température, salinité, flores sur certains sites) sont acquises. Les résultats des suivis 2013 mettent en évidence des différences significatives entre les lots, les classes d’âge et les sites testés. Plus précisément, les taux de mortalité cumulée obtenus sur les différents lots de naissains sont respectivement de 59, 83 et 74% pour les trois lots issus de captage naturel, de 71, 84 et 69% respectivement pour les trois lots d’écloserie. Certains sites, tels que les sites de Morlaix ou Géfosse apparaissent globalement moins touchés par la mortalité que d’autres sites situés plus au Sud tels que Marseillan ou Loix en Ré. La mortalité moyenne observée sur les lots d’huîtres 18 mois est de 12.6%, ce qui est équivalent aux taux de mortalité obtenus pour des huîtres de la même classe d’âge en 2012 (13%), et reste en dessous de certaines déclarations de mortalité effectuées par la profession sur des huîtres de classe d’âge supérieures (35 à 50 mois). En terme de données hydrologiques, l’année 2013 se caractérise par rapport aux années précédentes, par des mois de mars et début avril relativement frais. Ainsi, les premières mortalités sont généralement apparues plus tardivement en 2013 qu’en 2012, et s’échelonnent de mi-mai jusqu’à mi-août pour l’ensemble des sites et des lots, la vague la plus importante de mortalité ayant touché la plupart des sites à la deuxième quinzaine du mois de Juin. En terme de réplique de mortalité, des différences significatives ont pu être observées selon les types de lots, certains étant affectés, sur l’ensemble des sites-ateliers, par une vague unique de mortalité, alors que d’autres présentent plusieurs pics de plus faibles intensités. Les analyses de comparaison inter-annuelle des taux de mortalité observés en 2013 sur les lots sentinelles par rapport aux années précédentes (sur des lots sentinelles de même provenance) révèlent des tendances (i.e. diminution ou augmentation des taux) propres à chaque lot, et ne permettent donc pas de dégager une tendance globale associée au phénomène. Enfin, les analyses pathologiques réalisées sur des prélèvements bi-mensuels d’individus issus des trois lots sentinelles 18 mois, CN1 et ETa sur l’ensemble des sites ateliers, ont révélé des différences significatives des taux d’Herpes selon les sites, mais également selon la période de détection de charges élevées, cette dernière semblant corrélée aux taux de mortalité cumulée final observé. Les recherches de détection de la bactérie de l’espèce Vibrio aestuarianus sur les mêmes lots, révèlent des cas positifs pour tous les types de lots, mais de façon plus sporadique

RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Rapport annuel Campagne 2014.

Après cinq ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers repartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres. Cependant, il était apparu très difficile d’être suffisamment exhaustif sur le choix des lots sentinelles suivis, et les résultats obtenus ne pouvaient pas représenter toute la diversité des lots d’huîtres creuses cultivées sur les côtes françaises. Par conséquent, le protocole du RESCO a légèrement évolué en 2014 afin de palier à ces biais mais aussi d’améliorer la lisibilité des objectifs du réseau. Pour ce faire, deux actions principales ont été mises en oeuvre : (i) l’introduction dans les suivis d’un nouveau matériel biologique standard et reproductible (Naissains Standardisés Ifremer), et (ii) le suivi, sur un site pilote, des valeurs d’expression de marqueurs physiologiques préalablement identifiés dans la réponse de l’huître face aux infections et/ou aux modifications environnementales (action PHYSITU). Les objectifs principaux du réseau ont par conséquent évolué, ciblant désormais l’acquisition de données afin de qualifier la qualité des écosystèmes conchylicoles. Les principaux résultats acquis lors de cette nouvelle campagne 2014 ont mis en évidence que les performances conchylicoles mesurées pour les lots de naissains NSI et issu de captage naturel d’Arcachon étaient comparables sur l’ensemble des sites. Ainsi, les mortalités pour ces lots sont apparues entre mi-mai et mi-juin, et les taux de mortalité cumulée finaux sont de l’ordre de 50%. Ces taux représentent donc une légère diminution par rapport aux taux de mortalité obtenus lors des campagnes précédentes, mais si cette baisse n’est pas statistiquement significative. Pour le lot « 18 mois », la moyenne nationale atteinte est d’environ 20% : ce taux constitue donc une légère augmentation par rapport aux années précédentes, même si ces mortalités se font continuellement dans le temps, sans réel pic de mortalité. Notons qu’un taux élevé de 43% a tout de même été observé pour ce lot à Géfosse. Des observations similaires peuvent être faites sur le lot de «30 mois» (suivis pour la 1ère fois dans le cadre du réseau) : aucune mortalité très importante n’est à déclarer sur ce lot, puisque les taux de mortalité cumulée atteignent progressivement les 15%, à l’exception du site de Géfosse pour lequel les mortalités dépassent les 70%. Les analyses pathologiques réalisées au cours de cette campagne 2014 se sont essentiellement concentrées sur le nouveau lot NSI introduit cette année. Ainsi, des analyses initiales ont permis de confirmer que ce lot ne portait pas de parasites à déclaration obligatoire, ni d’Herpes virus (et ce, même après avoir subi un challenge thermique). Des analyses (par PCR et analyses histologiques) réalisées lors des 1ères mortalités de ce lot ont montré que l’ADN de l’Herpes virus était systématiquement détecté ; Parallèlement, des bactéries appartenant au groupe Vibrio splendidus ont été trouvées sur 4 sites, ainsi que du Vibrio aestuarianus sur 2 sites parmi ces 4 sites. Parallèlement au réseau, une étude a été menée sur un site pilote afin de suivre l’évolution de certains marqueurs en lien avec l’apparition des mortalités des naissains. L’expression de 14 gènes préalablement identifiés comme étant impliqués dans la réponse de l’huître à l’infection et/ou aux modifications environnementales a ainsi été mesurée au cours d’un phénomène de mortalité in situ. L’analyse statistique du jeu de données a permis d’identifier certains gènes dont l’expression varie en fonction des cinétiques de mortalité. A terme ces marqueurs pourraient être utilisés comme des indicateurs précoces pouvant faciliter la mise en place de seuil d’état d’alerte

Compte Rendu de la Journée Annuelle ECOSCOPA. Le 8 février 2022 (par visioconférence)

The annual day of the ECOSCOPA network took place on February 8, 2022, with 30 participants, by videoconference. The points raised during this day of exchange were the following:  - Presentation of the ECOSCOPA correspondents - Presentation of the agreement management with DPMA - General presentation of the network  - Valuation of 26 years of shellfish data  - Environmental monitoring and machine learning  - ECOSCOPA: a basis for other monitoring/projects, the example of the Thau lagoon:  - Network data to study the evolutionary trajectory of coastal (socio-)ecosystems: the RETROSCOPE project  - Experimental concessions and AOT  - Biological material and bimetric analyses  - Field, laboratory and web procedures  - Use of acquired data to support opinions and expertise: - Environmental probes, sensors and metrology  - Conclusions, remarks, perspectives, outsourcing, subcontracting for the operation of the ECOSCOPA network within ODE/RBE La journée annuelle du réseau ECOSCOPA s'est déroulée le 8 février 2022, avec 30 participants, en visioconférence. Les points évoqués lors de cette journée d'échange sont les suivants :  - Tour de table et présentation  - Présentation de la gestion de convention avec la DPMA - Présentation générale du réseau  - Valorisation de 26 ans de données conchylicoles  - Suivis environnementaux et machine learning  - ECOSCOPA : socle pour réaliser d’autres suivis/projets, l’exemple de la lagune de Thau :  - Les données de réseaux pour étudier la trajectoire d'évolution des (socio-)écosystèmes côtiers : le projet RETROSCOPE  - Concessions expérimentales et AOT  - Matériel biologique et analyses pathologiques  - Procédures terrain, laboratoire, site web  - Utilisation des données acquises pour étayer les avis et expertises - Sondes environnementales, capteurs et métrologie  - Conclusions, remarques, perspectives, externalisation, sous-traitance pour le fonctionnement du réseau ECOSCOPA au sein de ODE/RBE